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            中國(guó)科學(xué)家在中國(guó)人群泛基因組領(lǐng)域研究取得重大突破

            為人類(lèi)參考基因組繪制了獨(dú)特的中國(guó)畫(huà)卷
            來(lái)源:陜西日?qǐng)?bào) 發(fā)布時(shí)間:2023-06-15 08:20

            (記者 呂揚(yáng))6月14日,國(guó)際著名期刊《自然》在線發(fā)表了中國(guó)科研團(tuán)隊(duì)最新成果——《基于36個(gè)族群的中國(guó)人泛基因組參考圖譜》。這標(biāo)志著由西安交通大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)等26家單位組成的科研團(tuán)隊(duì)經(jīng)過(guò)多年研究,在中國(guó)人群泛基因組領(lǐng)域取得重大成果。

            人類(lèi)參考基因組是廣泛用于人類(lèi)遺傳學(xué)和醫(yī)學(xué)研究的遺傳密碼“導(dǎo)航圖”,是解析人類(lèi)起源與演化、揭示人類(lèi)表型和疾病的物質(zhì)基礎(chǔ)。人類(lèi)參考基因組經(jīng)歷了幾十次更新迭代,但無(wú)論是其初始計(jì)劃還是最新第38版(GRCh38),各參考基因組版本皆以白種人為主體而構(gòu)建,難以體現(xiàn)中國(guó)多族群的遺傳多樣性。即便是最新的旨在代表全人類(lèi)遺傳多樣性的HPRC(人類(lèi)泛基因組聯(lián)盟)項(xiàng)目,在其收集的全球46個(gè)樣本中也僅包含3個(gè)中國(guó)人樣本,無(wú)法代表14億中國(guó)人的遺傳多樣性。

            因此,構(gòu)建能夠代表中華民族遺傳多樣性的中國(guó)人群泛基因組圖譜對(duì)中國(guó)人遺傳多樣性研究、復(fù)雜疾病分子機(jī)制研究和精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)有重要意義。

            2021年,西安交通大學(xué)聯(lián)合復(fù)旦大學(xué)等單位成立了中國(guó)人群泛基因組聯(lián)盟??蒲袌F(tuán)隊(duì)采集了代表中國(guó)36個(gè)族群的58個(gè)樣本,采用最新的第三代高保真基因組測(cè)序技術(shù)對(duì)樣本進(jìn)行高深度測(cè)序,結(jié)合最新的單倍型基因組組裝方法,獲取了116個(gè)高質(zhì)量單倍型基因組,以圖基因組的方式構(gòu)建了中國(guó)人群參考泛基因組。相比于最新版的人類(lèi)參考基因組,中國(guó)人群參考泛基因組發(fā)現(xiàn)了約1.9億個(gè)堿基的新序列,其中約500萬(wàn)個(gè)堿基的新序列存在于95%以上單倍型中,體現(xiàn)了中國(guó)人群特異的遺傳圖譜。相比于HPRC項(xiàng)目構(gòu)建的人類(lèi)參考泛基因組,中國(guó)人群參考泛基因組中新發(fā)現(xiàn)約580萬(wàn)個(gè)小變異和3.4萬(wàn)個(gè)結(jié)構(gòu)變異,其中約1.7萬(wàn)個(gè)結(jié)構(gòu)變異影響6426個(gè)蛋白編碼基因,并且這些基因與人體免疫系統(tǒng)顯著相關(guān)。

            團(tuán)隊(duì)通過(guò)研究中國(guó)人群泛基因組特異結(jié)構(gòu)變異在基因組上的分布,發(fā)現(xiàn)了與807個(gè)蛋白編碼基因相關(guān)的223個(gè)變異熱點(diǎn)區(qū)域,并且這些變異與東亞人群常見(jiàn)的尿石癥、腎結(jié)石、甲狀腺腫大等密切相關(guān)。此外,團(tuán)隊(duì)檢測(cè)出了較高比例的古人來(lái)源的新序列,為東亞現(xiàn)代人基因組中的古人基因滲入研究乃至整個(gè)古DNA領(lǐng)域提供了新線索。

            “基于在基因組領(lǐng)域的研究基礎(chǔ),我們研發(fā)了系列原創(chuàng)性基因組分析算法工具,用于中國(guó)人群泛基因組構(gòu)建及分析,打破了基因組領(lǐng)域前沿生物技術(shù)的國(guó)外壟斷,實(shí)現(xiàn)了我國(guó)在該領(lǐng)域從‘跟跑’到‘并跑’,甚至‘領(lǐng)跑’的轉(zhuǎn)變?!蔽靼步煌ù髮W(xué)副教授楊曉飛說(shuō)。

            “這項(xiàng)研究成果提升了我國(guó)在參考基因組領(lǐng)域的自主權(quán),為完整構(gòu)建中華民族參考泛基因組奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ),為人類(lèi)參考基因組繪制了獨(dú)特的中國(guó)畫(huà)卷?!蔽靼步煌ù髮W(xué)教授葉凱說(shuō)。

            西安交通大學(xué)教授施秉銀說(shuō):“中國(guó)人群泛基因組的成功構(gòu)建將解開(kāi)此前制約我國(guó)‘精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)’發(fā)展的困局,提高我國(guó)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)分析的完整性和準(zhǔn)確性,服務(wù)人民生命健康?!?/p>